Esta etapa engloba el trabajo de cuatro rectores: los dos últimos años de administración de Marco Antonio Valencia, Jorge Luis Ibarra Mendívil, Pedro Ortega Romero y Heriberto Grijalva Monteverde.
Buscando que la institución “recupere su posición estratégica para el progreso del Estado y su capacidad de respuesta como factor de cambio a los requerimientos de progreso de los sonorenses”, el 26 de noviembre de 1991, el Congreso del Estado expidió la Ley Orgánica 4, que plantea una reestructuración de la Universidad, con base en un régimen de desconcentración funcional y administrativa, a través de Unidades Regionales, Divisiones y Departamentos.
Los avances en revisión curricular, infraestructura académica y en el programa de formación del personal académico, así como la implementación de una profunda reforma administrativa apoyada en la elaboración de instrumentos normativos y manuales de organización y de procedimientos, permiten vislumbrar un panorama de consolidación y fuerte desarrollo académico de la Universidad en los próximos años, con mayor capacidad de adecuación constante a los requerimientos que plantea el desarrollo de la entidad y del país.
En esta nueva estructura, la Universidad ha crecido geométrica y geográficamente: de los cuatro campus existentes en 1991 (Hermosillo, Santa Ana, Navojoa y Caborca), la institución creció a seis con la apertura de los campus Nogales (1999) y Cajeme (2010).
Se oficializaron los estudios de artes con la apertura de la Licenciatura en Artes, opciones Danza, Canto, Plásticas y Teatro; además de Arquitectura y Diseño Gráfico.
En Ciencias de la Salud se abrieron las carreras de Medicina, Biología, Nutrición y Deportes.
“El saber de mis hijos hará mi grandeza”, reza el lema de la institución educativa que por casi siete décadas ha formado importantes cuadros de profesionistas en diversas áreas del saber y continúa con su compromiso de seguir contribuyendo en la mejora de la calidad educativa a nivel superior.
Innovación, liderazgo y creatividad son algunos de los valores que distinguen a la Universidad de Sonora, con los cuales ha logrado fomentar no sólo entre la comunidad universitaria, sino en la sociedad sonorense, el orgullo de ser Búho.

 

Mat. Marco Antonio Valencia Arvizu (1989-1993)	M.C. Jorge Luis Ibarra Mendívil (1993 – 2001)
Dr. Pedro Ortega Romero (2001-2009)	Dr. Heriberto Grijalva Monteverde (2009-2017)